順利的阻止ガミラス帝國侵略，大和號沉入「アクエリアスの海」之後17年，人類在西元2220年再度遇到了前所未見的危機。質量比太陽大上300倍的黑洞，吞噬著移動路徑上的所有物質，正在往地球移動。
地球連邦政府企圖將人民移民至距離地球2萬7000光年的サイラム恒星系アマールへ，但是派出的先遣船隊卻在遭受謎樣艦隊的攻擊後失去了聯絡。為了確保不再失敗，聯邦政府指派前次大戰的英雄，大和號上宇宙零式戰機的王牌駕駛員，古代進，再次搭乘「大和號」，擔任移民船團的護衛工作。然而埋伏在宇宙深處的，是為了阻止人類移民計畫，星際國家聯合SUS的艦隊…..
自從 1983 年的劇場版「宇宙戰艦大和號 完結編」以來又過了25年，現在將要以最新的 3D CG 技術重現大和號的英姿。而這次「復活篇」的故事發生在「完結篇」的 17 年後，原本青澀的男主角古代進已經變成了38歲的成熟男人，並且將再次擔任大和號的艦長，帶領新一代的組員一同奮戰。
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